COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-30 17:00:00 17.836899 17.836899 20.664867
2021-03-29 17:00:00 23.590437 23.590437 20.627270
2021-03-28 17:00:00 21.648085 21.648085 20.624245
2021-03-27 17:00:00 21.474255 21.474255 20.574254
2021-03-26 17:00:00 21.594346 21.594346 20.594687
2021-03-25 17:00:00 20.219717 20.219717 20.575956
2021-03-24 17:00:00 18.459175 18.459175 20.520868

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-30 17:00:00 8.533185 8.533185 16.562076
2021-03-29 17:00:00 21.313035 21.313035 16.258502
2021-03-28 17:00:00 19.735877 19.735877 16.320795
2021-03-27 17:00:00 20.689655 20.689655 16.524230
2021-03-26 17:00:00 23.444976 23.444976 16.765914
2021-03-25 17:00:00 13.790036 13.790036 16.821659
2021-03-24 17:00:00 14.193270 14.193270 16.791506

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-30 17:00:00 22.535211 22.535211 22.226373
2021-03-29 17:00:00 14.864865 21.006944 22.034020
2021-03-28 17:00:00 24.584718 24.584718 21.816328
2021-03-27 17:00:00 19.444444 23.090278 21.786330
2021-03-26 17:00:00 21.568627 24.783362 21.397058
2021-03-25 17:00:00 18.563923 18.563923 21.053319
2021-03-24 17:00:00 19.965278 19.965278 20.692396

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-30 17:00:00 11.312217 11.312217 13.044400
2021-03-29 17:00:00 14.075630 7.067511 13.105837
2021-03-28 17:00:00 17.239755 17.239755 13.301410
2021-03-27 17:00:00 16.461439 16.461439 13.334090
2021-03-26 17:00:00 14.486639 14.486639 13.451186
2021-03-25 17:00:00 15.243902 15.243902 13.497026
2021-03-24 17:00:00 12.219618 12.219618 13.275761

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-30 17:00:00 16.452254 20.876477 15.058246
2021-03-29 17:00:00 17.882821 14.734373 14.950907
2021-03-28 17:00:00 14.833959 14.833959 14.893009
2021-03-27 17:00:00 14.332987 14.332987 14.882622
2021-03-26 17:00:00 14.734373 14.734373 14.737493
2021-03-25 17:00:00 14.241443 14.241443 14.634773
2021-03-24 17:00:00 12.158145 12.158145 14.798591

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-30 17:00:00 36.669756 63.036762 51.454205
2021-03-29 17:00:00 80.311502 80.311502 51.477594
2021-03-28 17:00:00 51.768411 51.768411 50.708352
2021-03-27 17:00:00 47.211819 47.211819 49.675521
2021-03-26 17:00:00 50.474984 50.474984 49.383207
2021-03-25 17:00:00 41.582965 41.582965 48.435351
2021-03-24 17:00:00 35.545024 35.545024 47.208761

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-30 17:00:00 18.648310 18.648310 19.804304
2021-03-29 17:00:00 25.315391 25.315391 20.085610
2021-03-28 17:00:00 17.260062 17.260062 20.159572
2021-03-27 17:00:00 17.948718 17.948718 20.288942
2021-03-26 17:00:00 22.390671 22.390671 20.450726
2021-03-25 17:00:00 22.905332 22.905332 20.760326
2021-03-24 17:00:00 18.207885 18.207885 20.894203

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-30 17:00:00 7.902962 7.902962 8.857134
2021-03-29 17:00:00 14.217673 7.203738 8.762826
2021-03-28 17:00:00 10.944206 10.944206 8.748043
2021-03-27 17:00:00 9.370507 9.370507 8.728704
2021-03-26 17:00:00 9.362457 9.362457 8.803297
2021-03-25 17:00:00 9.543048 9.543048 8.815134
2021-03-24 17:00:00 8.152848 8.152848 8.771250

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-30 17:00:00 12.535247 18.024327 17.034510
2021-03-29 17:00:00 134.800000 12.472243 16.630562
2021-03-28 17:00:00 20.459290 20.459290 16.389800
2021-03-27 17:00:00 19.578090 19.578090 16.265158
2021-03-26 17:00:00 17.838828 17.838828 16.079756
2021-03-25 17:00:00 16.233980 18.135095 15.722967
2021-03-24 17:00:00 15.671642 15.671642 15.344017

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-30 17:00:00 44.753044 26.690058 33.064760
2021-03-29 17:00:00 30.834050 30.834050 32.094255
2021-03-28 17:00:00 33.051643 33.051643 32.000047
2021-03-27 17:00:00 36.180458 36.180458 31.874806
2021-03-26 17:00:00 36.493675 36.493675 31.722946
2021-03-25 17:00:00 35.668340 35.668340 31.641536
2021-03-24 17:00:00 32.714493 32.714493 31.560298

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-30 17:00:00 10.673077 10.673077 16.825931
2021-03-29 17:00:00 31.266846 7.772194 16.558904
2021-03-28 17:00:00 19.858435 19.858435 17.077138
2021-03-27 17:00:00 22.650376 22.650376 17.549315
2021-03-26 17:00:00 22.579564 22.579564 18.050755
2021-03-25 17:00:00 19.639469 19.639469 18.538442
2021-03-24 17:00:00 19.446154 19.446154 19.075223

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-30 17:00:00 0.892857 0.892857 5.125289
2021-03-29 17:00:00 9.740260 9.740260 5.275783
2021-03-28 17:00:00 8.433735 3.066813 5.546644
2021-03-27 17:00:00 11.191336 11.191336 5.822064
2021-03-26 17:00:00 7.181572 7.181572 6.042479
2021-03-25 17:00:00 3.312303 3.312303 6.564428
2021-03-24 17:00:00 4.809287 4.809287 6.857183

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-30 17:00:00 9.453782 9.453782 7.431152
2021-03-29 17:00:00 13.833992 2.087060 7.547834
2021-03-28 17:00:00 7.596154 7.596154 7.871510
2021-03-27 17:00:00 5.892857 5.892857 8.364712
2021-03-26 17:00:00 10.691824 10.691824 9.007754
2021-03-25 17:00:00 8.493490 8.493490 9.907604
2021-03-24 17:00:00 9.660107 9.660107 11.003222

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-30 17:00:00 44.954128 44.954128 51.430033
2021-03-29 17:00:00 40.776699 47.989950 50.628357
2021-03-28 17:00:00 42.187500 42.187500 50.834590
2021-03-27 17:00:00 54.020101 54.020101 51.896727
2021-03-26 17:00:00 55.737705 55.737705 52.525178
2021-03-25 17:00:00 67.816092 67.816092 53.593329
2021-03-24 17:00:00 63.900415 63.900415 54.923768

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-30 17:00:00 22.853985 22.853985 25.862192
2021-03-29 17:00:00 31.464435 31.464435 25.205988
2021-03-28 17:00:00 26.090632 26.090632 25.220884
2021-03-27 17:00:00 26.439318 26.439318 24.962566
2021-03-26 17:00:00 26.436064 26.436064 24.545034
2021-03-25 17:00:00 24.333239 24.333239 24.395333
2021-03-24 17:00:00 28.930245 28.930245 24.197539

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-30 17:00:00 24.494706 24.494706 39.201712
2021-03-29 17:00:00 22.599195 49.137435 40.280905
2021-03-28 17:00:00 88.209176 88.209176 40.649388
2021-03-27 17:00:00 41.607957 41.607957 40.516716
2021-03-26 17:00:00 39.452555 39.452555 39.782461
2021-03-25 17:00:00 39.901865 39.901865 39.642284
2021-03-24 17:00:00 29.163823 29.163823 38.508717

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-30 17:00:00 8.109177 8.109177 7.731190
2021-03-29 17:00:00 12.528648 7.099567 7.698459
2021-03-28 17:00:00 9.575185 7.665656 7.683765
2021-03-27 17:00:00 12.424242 7.619048 7.494389
2021-03-26 17:00:00 8.356808 8.356808 7.377032
2021-03-25 17:00:00 7.104377 9.142114 7.286921
2021-03-24 17:00:00 6.137184 6.137184 7.099973

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-30 17:00:00 NaN 14.584233 14.859962
2021-03-29 17:00:00 15.821782 15.821782 14.620393
2021-03-28 17:00:00 16.229564 16.229564 14.500901
2021-03-27 17:00:00 15.589420 15.589420 14.375429
2021-03-26 17:00:00 13.397417 13.397417 14.290562
2021-03-25 17:00:00 13.695486 15.677001 14.164633
2021-03-24 17:00:00 12.807634 12.807634 14.043991

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-30 17:00:00 13.846515 13.846515 13.041077
2021-03-29 17:00:00 18.493027 10.527944 12.921458
2021-03-28 17:00:00 14.106001 14.106001 12.935510
2021-03-27 17:00:00 13.498344 13.498344 12.948776
2021-03-26 17:00:00 13.882124 13.882124 12.900662
2021-03-25 17:00:00 14.278160 14.278160 12.805488
2021-03-24 17:00:00 11.453449 11.453449 12.744012

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-30 17:00:00 19.935691 19.935691 21.199031
2021-03-29 17:00:00 38.888889 38.888889 20.248217
2021-03-28 17:00:00 25.431711 25.431711 20.081304
2021-03-27 17:00:00 27.106227 27.106227 20.205544
2021-03-26 17:00:00 26.644463 14.820983 20.021383
2021-03-25 17:00:00 22.554890 22.554890 19.903872
2021-03-24 17:00:00 22.681452 22.681452 19.839031

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-30 17:00:00 13.571429 24.958949 19.127788
2021-03-29 17:00:00 44.262295 9.183673 18.894810
2021-03-28 17:00:00 27.304965 27.304965 18.406889
2021-03-27 17:00:00 43.103448 21.034483 18.159784
2021-03-26 17:00:00 18.095238 18.095238 18.273556
2021-03-25 17:00:00 20.748299 20.748299 18.152566
2021-03-24 17:00:00 21.472393 21.472393 18.118855

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-30 17:00:00 20.113920 20.113920 30.497544
2021-03-29 17:00:00 17.304493 41.811267 31.120964
2021-03-28 17:00:00 34.675228 34.675228 31.156266
2021-03-27 17:00:00 31.512003 31.512003 30.843606
2021-03-26 17:00:00 30.745524 30.745524 31.380268
2021-03-25 17:00:00 27.203625 27.203625 31.338946
2021-03-24 17:00:00 29.381295 29.381295 31.620522

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 8.533185 8.533185 16.562076
Basilicata 22.535211 22.535211 22.226373
Calabria 11.312217 11.312217 13.044400
Campania 16.452254 20.876477 15.058246
Emilia-Romagna 36.669756 63.036762 51.454205
Friuli Venezia Giulia 18.648310 18.648310 19.804304
Lazio 7.902962 7.902962 8.857134
Liguria 12.535247 18.024327 17.034510
Lombardia 44.753044 26.690058 33.064760
Marche 10.673077 10.673077 16.825931
Molise 0.892857 0.892857 5.125289
P.A. Bolzano 9.453782 9.453782 7.431152
P.A. Trento 44.954128 44.954128 51.430033
Piemonte 22.853985 22.853985 25.862192
Puglia 24.494706 24.494706 39.201712
Sardegna 8.109177 8.109177 7.731190
Sicilia NaN 14.584233 14.859962
Toscana 13.846515 13.846515 13.041077
Umbria 19.935691 19.935691 21.199031
Valle d'Aosta 13.571429 24.958949 19.127788
Veneto 20.113920 20.113920 30.497544

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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